La faculté des sciences et technologie affiche clairement sa volonté de développer ses activités de recherche en parallèle à ses activités d'enseignement.
Ce lien étroit entre la formation et la recherche implique notamment l'existence d'au moins un laboratoire de référence pour chaque champ disciplinaire de la faculté.
Huit laboratoires de recherche sont ainsi liés administrativement à cette dernière. Leurs activités de recherche sont basées sur des thématiques largement transdisciplinaires : biologie et santé, chimie, physique et sciences des matériaux, mathématiques et sciences de l'environnement.
La plupart de ces laboratoires reposent fortement sur l'existence de plateaux techniques et élaborent leurs programmes de recherche en mettant en jeu de nombreux partenariats avec des organismes publics ou semi-publics mais aussi avec des entreprises privées, au niveau national et international.
Leur reconnaissance s'appuie sur trois Labex (laboratoires d'excellence) de l'Université Paris-Est : Bezout (Modèles et algorithmes : du discret au continu), Futurs Urbains (Aménagement, architecture, environnement et transport pour la ville durable) et MMCD (Modélisation et expérimentation pour la construction durable.